近几年来，化肥的大量施用带来的一系列环境污染问题受到了越来越多的重视，特别是随着生活水平的提高，人们开始更多地关注生活质量和自身的健康，重视农产品的品质，微生物肥料的生产和发展也越来越受到人们的重视。那么，微生物肥料在土壤中究竟起到什么作用呢？
什么是微生物肥料？
微生物肥料是通过微生物的生命活动促使农作物得到特定的肥料效应，从而使作物生长茁壮或产量增加的一类制品。与化学肥料、有机肥料一样，是农业生产中施用的肥料产品的一部分。微生物肥料也叫菌肥，其中含有活的微生物，这些微生物的活动能给农作物提供一定量的养分，促进作物生长，还可减轻农作物病害，提高化学肥料的利用率，终提高产量，减少化肥、农药对农产品及土壤的污染。
微生物肥料的作用是什么？
一是土壤的“造就师”
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以活化土壤，改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，增加土壤的通透性，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成，且提高保肥、保墒能力。
二是“养分转换师”
微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性，如固氮菌将空气中的氮转化为氨，磷钾菌把固定的磷和钾转化为可溶性的磷钾肥等。此外，微生物肥料与各种常用的有机肥配合使用，可提高肥料利用率，增产增收效果显著。
三是土壤的“师”
生物菌肥中的有益菌群能对土壤进行“解毒”和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。例如抗生性微生物，它们能够分泌，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，增强植物的抗病能力，提高抗重茬病、抗枯萎病、黄萎病、根腐病、根结线虫病等病害的能力，从而达到提高作物产量和品质的效果。
四是果品的“保健师”
微生物肥料能够提高农产品品质。生物菌肥可减少病虫害，降解土壤农药、化肥残留，减少硝酸盐的积累，为蔬菜瓜果提供一片健康的生存空间。此外，生物菌肥可增加农产品蛋白质、糖分、维生素等含量，大幅度提高作物品质，使蔬菜瓜果色鲜味美、品质优，使农产品成为无公害的绿色产品。